ROOT - A C++ Framework for Petabyte Data Storage, Statistical Analysis and Visualization

ROOT is an object-oriented C++ framework conceived in the high-energy physics (HEP) community, designed for storing and analyzing petabytes of data in an efficient way. Any instance of a C++ class can be stored into a ROOT file in a machine-independent compressed binary format. In ROOT the TTree object container is optimized for statistical data analysis over very large data sets by using vertical data storage techniques. These containers can span a large number of files on local disks, the web, or a number of different shared file systems. In order to analyze this data, the user can chose out of a wide set of mathematical and statistical functions, including linear algebra classes, numerical algorithms such as integration and minimization, and various methods for performing regression analysis (fitting). In particular, ROOT offers packages for complex data modeling and fitting, as well as multivariate classification based on machine learning techniques. A central piece in these analysis tools are the histogram classes which provide binning of one- and multi-dimensional data. Results can be saved in high-quality graphical formats like Postscript and PDF or in bitmap formats like JPG or GIF. The result can also be stored into ROOT macros that allow a full recreation and rework of the graphics. Users typically create their analysis macros step by step, making use of the interactive C++ interpreter CINT, while running over small data samples. Once the development is finished, they can run these macros at full compiled speed over large data sets, using on-the-fly compilation, or by creating a stand-alone batch program. Finally, if processing farms are available, the user can reduce the execution time of intrinsically parallel tasks - e.g. data mining in HEP - by using PROOF, which will take care of optimally distributing the work over the available resources in a transparent way

Instrucciones para planificar la actividad docente de una asignatura: la guía docente y la programación temporal

La planificación de detalle que realiza el profesorado de una determinada asignatura se recoge en dos documentos distintos: la guía docente y la programación temporal. La información incluida en ellos será de utilidad para los estudiantes que cursen la asignatura pero no solo para ellos, ya que se empleará también como base para la coordinación docente y en los procesos de revisión y seguimiento de los títulos. Este libro está concebido para servir de apoyo al profesorado a la hora de planificar su docencia y cumplimentar los dos documentos citados

Expression of MALT1 oncogene in hematopoietic stem/progenitor cells recapitulates the pathogenesis of human lymphoma in mice

Chromosomal translocations involving the MALT1 gene are hallmarks of mucosa-associated lymphoid tissue (MALT) lymphoma. To date, targeting these translocations to mouse B cells has failed to reproduce human disease. Here, we induced MALT1 expression in mouse Sca1(+)Lin(-) hematopoietic stem/progenitor cells, which showed NF-κB activation and early lymphoid priming, being selectively skewed toward B-cell differentiation. These cells accumulated in extranodal tissues and gave rise to clonal tumors recapitulating the principal clinical, biological, and molecular genetic features of MALT lymphoma. Deletion of p53 gene accelerated tumor onset and induced transformation of MALT lymphoma to activated B-cell diffuse large-cell lymphoma (ABC-DLBCL). Treatment of MALT1-induced lymphomas with a specific inhibitor of MALT1 proteolytic activity decreased cell viability, indicating that endogenous Malt1 signaling was required for tumor cell survival. Our study shows that human-like lymphomas can be modeled in mice by targeting MALT1 expression to hematopoietic stem/progenitor cells, demonstrating the oncogenic role of MALT1 in lymphomagenesis. Furthermore, this work establishes a molecular link between MALT lymphoma and ABC-DLBCL, and provides mouse models to test MALT1 inhibitors. Finally, our results suggest that hematopoietic stem/progenitor cells may be involved in the pathogenesis of human mature B-cell lymphomas

The evolution of the ventilatory ratio is a prognostic factor in mechanically ventilated COVID-19 ARDS patients

Background: Mortality due to COVID-19 is high, especially in patients requiring mechanical ventilation. The purpose of the study is to investigate associations between mortality and variables measured during the first three days of mechanical ventilation in patients with COVID-19 intubated at ICU admission. Methods: Multicenter, observational, cohort study includes consecutive patients with COVID-19 admitted to 44 Spanish ICUs between February 25 and July 31, 2020, who required intubation at ICU admission and mechanical ventilation for more than three days. We collected demographic and clinical data prior to admission; information about clinical evolution at days 1 and 3 of mechanical ventilation; and outcomes. Results: Of the 2,095 patients with COVID-19 admitted to the ICU, 1,118 (53.3%) were intubated at day 1 and remained under mechanical ventilation at day three. From days 1 to 3, PaO2/FiO2 increased from 115.6 [80.0-171.2] to 180.0 [135.4-227.9] mmHg and the ventilatory ratio from 1.73 [1.33-2.25] to 1.96 [1.61-2.40]. In-hospital mortality was 38.7%. A higher increase between ICU admission and day 3 in the ventilatory ratio (OR 1.04 [CI 1.01-1.07], p = 0.030) and creatinine levels (OR 1.05 [CI 1.01-1.09], p = 0.005) and a lower increase in platelet counts (OR 0.96 [CI 0.93-1.00], p = 0.037) were independently associated with a higher risk of death. No association between mortality and the PaO2/FiO2 variation was observed (OR 0.99 [CI 0.95 to 1.02], p = 0.47). Conclusions: Higher ventilatory ratio and its increase at day 3 is associated with mortality in patients with COVID-19 receiving mechanical ventilation at ICU admission. No association was found in the PaO2/FiO2 variation

El Golfo San Jorge como área prioritaria de investigación, manejo y conservación en el marco de la Iniciativa Pampa Azul

El Golfo San Jorge (GSJ) fue incluido como una de las áreas geográficas prioritarias en el marco de la Iniciativa Pampa Azul por ser una de las regiones más productivas y con mayor diversidad del Mar Argentino. La región es clave en el ciclo de vida de los recursos pesqueros más importantes de Argentina y cuenta con áreas protegidas destinadas a la conservación de su biodiversidad y con un alto potencial para el desarrollo turístico. La jurisdicción del GSJ es compartida por las provincias de Chubut y Santa Cruz, mientras que las aguas adyacentes de plataforma están bajo jurisdicción nacional. Este carácter interjurisdiccional, sumado al gran número de instituciones involucradas en su estudio y gestión generan interesantes desafíos en materia de políticas de investigación y manejo. Este artículo pretende dar a conocer la importancia del GSJ, el conocimiento existente acerca del sistema, y la necesidad de construir, ejecutar y sostener un programa de investigación y monitoreo a largo plazo con un foco en los servicios que presta este ecosistema y los impactos de las actividades que allí se desarrollan. Los avances realizados en esa dirección son puestos en el contexto nacional y mundial, no solo por el conocimiento generado sino también por el logro de haber nucleado a varias instituciones del país dando inicio a un programa de investigación multidisciplinario con un enfoque ecosistémico, impulsado desde la iniciativa Pampa Azul.San Jorge Gulf (GSJ) was included among Areas of priority by the National Initiative Pampa Azul since it is one of the most productive and diverse regions of the Argentine Sea. It is a key region for the life cycle of several species including most important fishery resources, the definition of protected areas of biodiversity conservation interest, and for a potential tourism development. This region is under provincial (Chubut and Santa Cruz Provinces) but also national jurisdiction, and several institutions are engaged in research as well management, so the area represents a challenge for research and management policies. The goal of this article is to acknowledge the importance of GSJ, to present the main results of ongoing research, and highlight the need of building, carrying on and sustaining a research and monitoring program in the long term, focusing on ecosystem services and human impacts. Advances are contextualized in national and international frameworks, not only due to the importance of new scientific knowledgement achieved, but also for the response and collaboration of several institutions to the need of constructing a multidisciplinary program with an Ecosystem Approach, requested by Pampa Azul.Fil: Dans, Silvana Laura. Consejo Nacional de Investigaciones Científicas y Técnicas. Centro Científico Tecnológico Conicet - Centro Nacional Patagónico. Centro para el Estudio de Sistemas Marinos; Argentina. Universidad Nacional de la Patagonia "San Juan Bosco"; ArgentinaFil: Cefarelli, Adrián Oscar. Universidad Nacional de la Patagonia Austral. Centro de Investigaciones y Transferencia Golfo San Jorge. Consejo Nacional de Investigaciones Científicas y Técnicas. Centro de Investigaciones y Transferencia Golfo San Jorge. Universidad Nacional de la Patagonia "San Juan Bosco". Centro de Investigaciones y Transferencia Golfo San Jorge; ArgentinaFil: Galvan, David Edgardo. Consejo Nacional de Investigaciones Científicas y Técnicas. Centro Científico Tecnológico Conicet - Centro Nacional Patagónico. Centro para el Estudio de Sistemas Marinos; ArgentinaFil: Góngora, María Eva. Universidad Nacional de la Patagonia "San Juan Bosco". Facultad de Ciencias Naturales - Sede Trelew. Departamento de Biología. Laboratorio de Hidrobiología; ArgentinaFil: Martos, Patricia. Universidad Nacional de Mar del Plata. Facultad de Ciencias Exactas y Naturales. Departamento de Ciencias Marinas; ArgentinaFil: Varisco, Martin Alejandro. Universidad Nacional de la Patagonia Austral. Centro de Investigaciones y Transferencia Golfo San Jorge. Consejo Nacional de Investigaciones Científicas y Técnicas. Centro de Investigaciones y Transferencia Golfo San Jorge. Universidad Nacional de la Patagonia "San Juan Bosco". Centro de Investigaciones y Transferencia Golfo San Jorge; ArgentinaFil: Alvarez Colombo, Gustavo Luis. Instituto Nacional de Investigaciones y Desarrollo Pesquero; ArgentinaFil: Blanc, Silvia. Consejo Nacional de Investigaciones Científicas y Técnicas. Unidad de Investigación y Desarrollo Estratégico para la Defensa. Ministerio de Defensa. Unidad de Investigación y Desarrollo Estratégico para la Defensa; Argentina. Ministerio de Defensa. Armada Argentina. Direccion Gral. de Investigacion y Desarrollo de la Ara. Direccion de Investigacion de la Armada. Departamento de Propagacion Acustica.; ArgentinaFil: Bos, Patricio. Consejo Nacional de Investigaciones Científicas y Técnicas. Unidad de Investigación y Desarrollo Estratégico para la Defensa. Ministerio de Defensa. Unidad de Investigación y Desarrollo Estratégico para la Defensa; Argentina. Ministerio de Defensa. Armada Argentina. Direccion Gral. de Investigacion y Desarrollo de la Ara. Direccion de Investigacion de la Armada. Departamento de Propagacion Acustica.; ArgentinaFil: Bovcon, Nelson Darío. Universidad Nacional de la Patagonia "San Juan Bosco". Facultad de Ciencias Naturales - Sede Trelew. Departamento de Biología. Laboratorio de Hidrobiología; Argentina. Provincia del Chubut. Secretaría de Pesca; ArgentinaFil: Charo, Marcela. Ministerio de Defensa. Armada Argentina. Servicio de Hidrografía Naval. Departamento Oceanografía; ArgentinaFil: Cinquini, Mariano Enrique. Consejo Nacional de Investigaciones Científicas y Técnicas. Unidad de Investigación y Desarrollo Estratégico para la Defensa. Ministerio de Defensa. Unidad de Investigación y Desarrollo Estratégico para la Defensa; ArgentinaFil: Derisio, Carla María. Consejo Nacional de Investigaciones Científicas y Técnicas. Centro Científico Tecnológico Mar del Plata. Instituto de Investigaciones Marinas y Costeras. Subsede Instituto Nacional de Investigación y Desarrollo Pesquero; ArgentinaFil: Dogliotti, Ana Inés. Consejo Nacional de Investigaciones Científicas y Técnicas. Oficina de Coordinación Administrativa Ciudad Universitaria. Instituto de Astronomía y Física del Espacio. - Universidad de Buenos Aires. Facultad de Ciencias Exactas y Naturales. Instituto de Astronomía y Física del Espacio; ArgentinaFil: Ferreyra, Gustavo Adolfo. Consejo Nacional de Investigaciones Científicas y Técnicas. Centro Austral de Investigaciones Científicas; ArgentinaFil: Funes, Manuela. Consejo Nacional de Investigaciones Científicas y Técnicas. Centro Científico Tecnológico Conicet - Mar del Plata. Instituto de Investigaciones Marinas y Costeras. Universidad Nacional de Mar del Plata. Facultad de Ciencias Exactas y Naturales. Instituto de Investigaciones Marinas y Costeras; ArgentinaFil: Giberto, Diego Agustin. Consejo Nacional de Investigaciones Científicas y Técnicas. Centro Científico Tecnológico Conicet - Mar del Plata. Instituto de Investigaciones Marinas y Costeras. Universidad Nacional de Mar del Plata. Facultad de Ciencias Exactas y Naturales. Instituto de Investigaciones Marinas y Costeras; ArgentinaFil: Halm, Cristian. Instituto Nacional de Investigaciones y Desarrollo Pesquero; ArgentinaFil: Hozbor, Constanza. Instituto Nacional de Investigaciones y Desarrollo Pesquero; ArgentinaFil: Irigoyen, Alejo Joaquin. Consejo Nacional de Investigaciones Científicas y Técnicas. Centro Científico Tecnológico Conicet - Centro Nacional Patagónico. Centro para el Estudio de Sistemas Marinos; ArgentinaFil: Lewis, Mirtha Noemi. Consejo Nacional de Investigaciones Científicas y Técnicas. Centro Científico Tecnológico Conicet - Centro Nacional Patagónico. Centro para el Estudio de Sistemas Marinos; ArgentinaFil: Macchi, Gustavo Javier. Instituto Nacional de Investigaciones y Desarrollo Pesquero; Argentina. Consejo Nacional de Investigaciones Científicas y Técnicas. Centro Científico Tecnológico Conicet - Mar del Plata. Instituto de Investigaciones Marinas y Costeras. Universidad Nacional de Mar del Plata. Facultad de Ciencias Exactas y Naturales. Instituto de Investigaciones Marinas y Costeras; ArgentinaFil: Maenza, Reinaldo Agustín. Consejo Nacional de Investigaciones Científicas y Técnicas; Argentina. Instituto Nacional de Investigacion y Desarrollo Pesquero. Direccion de Pesqueria de Invertebrados, Peces Pelagicos y Ambiente Marino. Gabinete de Oceanografia Fisica.; ArgentinaFil: Nocera, Ariadna Celina. Consejo Nacional de Investigaciones Científicas y Técnicas. Centro Científico Tecnológico Conicet - Centro Nacional Patagónico. Centro para el Estudio de Sistemas Marinos; ArgentinaFil: Paparazzo, Flavio Emiliano. Consejo Nacional de Investigaciones Científicas y Técnicas. Centro Científico Tecnológico Conicet - Centro Nacional Patagónico. Centro para el Estudio de Sistemas Marinos; ArgentinaFil: Parma, Ana María. Consejo Nacional de Investigaciones Científicas y Técnicas. Centro Científico Tecnológico Conicet - Centro Nacional Patagónico. Centro para el Estudio de Sistemas Marinos; ArgentinaFil: Pisoni, Juan Pablo. Consejo Nacional de Investigaciones Científicas y Técnicas. Centro Científico Tecnológico Conicet - Centro Nacional Patagónico. Centro para el Estudio de Sistemas Marinos; ArgentinaFil: Prario, Igor Sebastian. Consejo Nacional de Investigaciones Científicas y Técnicas. Unidad de Investigación y Desarrollo Estratégico para la Defensa. Ministerio de Defensa. Unidad de Investigación y Desarrollo Estratégico para la Defensa; ArgentinaFil: Sánchez, Noela Belén. Consejo Nacional de Investigaciones Científicas y Técnicas. Centro Científico Tecnológico Conicet - Centro Nacional Patagónico. Centro para el Estudio de Sistemas Marinos; ArgentinaFil: Sastre, Viviana. Universidad Nacional de la Patagonia "San Juan Bosco". Facultad de Ciencias Naturales - Sede Trelew. Departamento de Biología. Laboratorio de Hidrobiología; ArgentinaFil: Segura, Valeria Romina. Instituto Nacional de Investigaciones y Desarrollo Pesquero; ArgentinaFil: Silva, Ricardo. Instituto Nacional de Investigaciones y Desarrollo Pesquero; ArgentinaFil: Schiariti, Agustin. Instituto Nacional de Investigaciones y Desarrollo Pesquero; Argentina. Consejo Nacional de Investigaciones Científicas y Técnicas. Centro Científico Tecnológico Conicet - Mar del Plata. Instituto de Investigaciones Marinas y Costeras. Universidad Nacional de Mar del Plata. Facultad de Ciencias Exactas y Naturales. Instituto de Investigaciones Marinas y Costeras; ArgentinaFil: Temperoni, Brenda. Instituto Nacional de Investigaciones y Desarrollo Pesquero; Argentina. Consejo Nacional de Investigaciones Científicas y Técnicas. Centro Científico Tecnológico Conicet - Mar del Plata. Instituto de Investigaciones Marinas y Costeras. Universidad Nacional de Mar del Plata. Facultad de Ciencias Exactas y Naturales. Instituto de Investigaciones Marinas y Costeras; ArgentinaFil: Tonini, Mariano Hernan. Consejo Nacional de Investigaciones Científicas y Técnicas. Centro Científico Tecnológico Conicet - Patagonia Norte. Instituto Andino Patagónico de Tecnologías Biológicas y Geoambientales. Universidad Nacional del Comahue. Instituto Andino Patagónico de Tecnologías Biológicas y Geoambientales; ArgentinaFil: Tolivia, Analía Alejandra. Consejo Nacional de Investigaciones Científicas y Técnicas. Unidad de Investigación y Desarrollo Estratégico para la Defensa. Ministerio de Defensa. Unidad de Investigación y Desarrollo Estratégico para la Defensa; ArgentinaFil: Trobbiani, Gastón Andres. Consejo Nacional de Investigaciones Científicas y Técnicas. Centro Científico Tecnológico Conicet - Centro Nacional Patagónico. Centro para el Estudio de Sistemas Marinos; ArgentinaFil: Venerus, Leonardo Ariel. Consejo Nacional de Investigaciones Científicas y Técnicas. Centro Científico Tecnológico Conicet - Centro Nacional Patagónico. Centro para el Estudio de Sistemas Marinos; ArgentinaFil: Vernet, María. Universidad Nacional de la Patagonia Austral. Centro de Investigaciones y Transferencia Golfo San Jorge. Consejo Nacional de Investigaciones Científicas y Técnicas. Centro de Investigaciones y Transferencia Golfo San Jorge. Universidad Nacional de la Patagonia "San Juan Bosco". Centro de Investigaciones y Transferencia Golfo San Jorge; ArgentinaFil: Vinuesa, Julio Hector. Universidad Nacional de la Patagonia Austral. Centro de Investigaciones y Transferencia Golfo San Jorge. Consejo Nacional de Investigaciones Científicas y Técnicas. Centro de Investigaciones y Transferencia Golfo San Jorge. Universidad Nacional de la Patagonia "San Juan Bosco". Centro de Investigaciones y Transferencia Golfo San Jorge; ArgentinaFil: Villanueva Gomila, Gabriela Lujan. Consejo Nacional de Investigaciones Científicas y Técnicas. Centro Científico Tecnológico Conicet - Centro Nacional Patagónico. Centro para el Estudio de Sistemas Marinos; ArgentinaFil: Williams, Gabriela Noemí. Consejo Nacional de Investigaciones Científicas y Técnicas. Centro Científico Tecnológico Conicet - Centro Nacional Patagónico. Centro para el Estudio de Sistemas Marinos; ArgentinaFil: Yorio, Pablo Martin. Consejo Nacional de Investigaciones Científicas y Técnicas. Centro Científico Tecnológico Conicet - Centro Nacional Patagónico. Centro para el Estudio de Sistemas Marinos; ArgentinaFil: Zárate, Marcos Daniel. Consejo Nacional de Investigaciones Científicas y Técnicas. Centro Científico Tecnológico Conicet - Centro Nacional Patagónico. Centro para el Estudio de Sistemas Marinos; Argentin

Bose-Einstein correlations of charged hadrons in proton-proton collisions at s\sqrt s = 13 TeV

Bose-Einstein correlations of charged hadrons are measured over a broad multiplicity range, from a few particles up to about 250 reconstructed charged hadrons in proton-proton collisions at $\sqrt{s}$ = 13 TeV. The results are based on data collected using the CMS detector at the LHC during runs with a special low-pileup configuration. Three analysis techniques with different degrees of dependence on simulations are used to remove the non-Bose-Einstein background from the correlation functions. All three methods give consistent results. The measured lengths of homogeneity are studied as functions of particle multiplicity as well as average pair transverse momentum and mass. The results are compared with data from both CMS and ATLAS at $\sqrt{s}$ = 7 TeV, as well as with theoretical predictions.[graphic not available: see fulltext]Bose-Einstein correlations of charged hadrons are measured over a broad multiplicity range, from a few particles up to about 250 reconstructed charged hadrons in proton-proton collisions at $\sqrt{s} =$ 13 TeV. The results are based on data collected using the CMS detector at the LHC during runs with a special low-pileup configuration. Three analysis techniques with different degrees of dependence on simulations are used to remove the non-Bose-Einstein background from the correlation functions. All three methods give consistent results. The measured lengths of homogeneity are studied as functions of particle multiplicity as well as average pair transverse momentum and mass. The results are compared with data from both CMS and ATLAS at $\sqrt{s} =$ 7 TeV, as well as with theoretical predictions

Measurement of the top quark forward-backward production asymmetry and the anomalous chromoelectric and chromomagnetic moments in pp collisions at √s = 13 TeV

Abstract The parton-level top quark (t) forward-backward asymmetry and the anomalous chromoelectric (d̂ t) and chromomagnetic (μ̂ t) moments have been measured using LHC pp collisions at a center-of-mass energy of 13 TeV, collected in the CMS detector in a data sample corresponding to an integrated luminosity of 35.9 fb−1. The linearized variable AFB(1) is used to approximate the asymmetry. Candidate t t ¯ events decaying to a muon or electron and jets in final states with low and high Lorentz boosts are selected and reconstructed using a fit of the kinematic distributions of the decay products to those expected for t t ¯ final states. The values found for the parameters are AFB(1)=0.048−0.087+0.095(stat)−0.029+0.020(syst),μ̂t=−0.024−0.009+0.013(stat)−0.011+0.016(syst), and a limit is placed on the magnitude of | d̂ t| < 0.03 at 95% confidence level. [Figure not available: see fulltext.

Search for dark matter in events with a leptoquark and missing transverse momentum in proton-proton collisions at 13 TeV

A search is presented for dark matter in proton-proton collisions at a center-of-mass energy of root s= 13 TeV using events with at least one high transverse momentum (p(T)) muon, at least one high-p(T) jet, and large missing transverse momentum. The data were collected with the CMS detector at the CERN LHC in 2016 and 2017, and correspond to an integrated luminosity of 77.4 fb(-1). In the examined scenario, a pair of scalar leptoquarks is assumed to be produced. One leptoquark decays to a muon and a jet while the other decays to dark matter and low-p(T) standard model particles. The signature for signal events would be significant missing transverse momentum from the dark matter in conjunction with a peak at the leptoquark mass in the invariant mass distribution of the highest p(T) muon and jet. The data are observed to be consistent with the background predicted by the standard model. For the first benchmark scenario considered, dark matter masses up to 500 GeV are excluded for leptoquark masses m(LQ) approximate to 1400 GeV, and up to 300 GeV for m(LQ) approximate to 1500 GeV. For the second benchmark scenario, dark matter masses up to 600 GeV are excluded for m(LQ) approximate to 1400 GeV. (C) 2019 The Author(s). Published by Elsevier B.V.Peer reviewe

An embedding technique to determine ττ backgrounds in proton-proton collision data

An embedding technique is presented to estimate standard model tau tau backgrounds from data with minimal simulation input. In the data, the muons are removed from reconstructed mu mu events and replaced with simulated tau leptons with the same kinematic properties. In this way, a set of hybrid events is obtained that does not rely on simulation except for the decay of the tau leptons. The challenges in describing the underlying event or the production of associated jets in the simulation are avoided. The technique described in this paper was developed for CMS. Its validation and the inherent uncertainties are also discussed. The demonstration of the performance of the technique is based on a sample of proton-proton collisions collected by CMS in 2017 at root s = 13 TeV corresponding to an integrated luminosity of 41.5 fb(-1).Peer reviewe

Measurement of t(t)over-bar normalised multi-differential cross sections in pp collisions at root s=13 TeV, and simultaneous determination of the strong coupling strength, top quark pole mass, and parton distribution functions

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